Přesný důvod vzniku není znám. Předpokládá se, že jde o proniknutí chlupu do podkoží po jeho odpadnutí z kůže. Zjednodušeně řečeno – jde o zarůstání chlupů. Tření a tlak – těsné spodní prádlo, cyklistika, časté a dlouhé sezení vede k zatlačení chlupů do kůže. Kolem tohoto chlupu se poté vytvoří cysta. Tato teorie vzniku je podpořena výskytem pilonidální cysty v meziprstí rukou u kadeřnic, stříhačů psů nebo ovcí. Ve 30. letech 20. století se předpokládalo, že je cysta vrozená. Odtud nesprávný název „dvojče“.