Léčba spočívá v akutní fázi v rozříznutí v lokální nebo celkové anestezii a vyčištění ložiska od hnisu. Nezřídka je nutná léčba antibiotiky.

Po zklidnění zánětu je nejčastějším druhem operace kompletní vyříznutí cysty, při kterém vzniká v oblasti kostrče značný defekt. Hojení probíhá týdny, někdy i několik měsíců.

I přes operační řešení jsou časté recidivy onemocnění.

SiLaC je nová, šetrná a velice účinná metoda určená k léčbě pilonidální cysty. Při této metodě se používá laser. Pomocí světelného paprsku, kterým je cysta minimálně invazivně zevnitř „spálena“, dojde k jejímu uzavření. Současně je ušetřena okolní kůže i podkožní tkáň a nevznikají velké, dlouhou dobu se hojící rány. Pooperační stav je prakticky bezbolestný a umožňuje návrat k běžným činnostem během 2-3 dnů.